氣相毛細管柱的進樣方式，注入樣品后大部分樣品被放空，僅有約1/100的樣品進入毛細管柱，分流比可在1/20～1/200的范圍調節。適用于大部分氣體或液體樣品的分析，尤其對未知樣品使用分流進樣，可保護毛細管柱不被沾污，防止柱效降低。
分流進樣方式，由總流量閥控制載氣的總流量，載氣進入氣化室分成兩路，一路作為隔墊吹掃氣。另一路進入氣化室與氣化的樣品蒸氣混合后再分為兩部分，其中大部分經分流口放空，僅小部分進入氣相毛細管柱。
氣相毛細管柱柱溫的選擇：
柱溫是影響色譜分離和分析效率的重要參數，所以要根據分析目的和被測物性質，如：被測物的沸點、被測物極性、被測組分的多少，通過實驗優化得到合適的柱溫。氣相毛細管柱相對而言柱流失比較少，可以在較高溫度下工作。分析中通常采用程序升溫模式，從而提高分離度和柱效。
(1) 初始溫度的選擇
初溫的確定取決于譜圖上較早流出峰的分離度，一般應低于樣品中較低沸點組分的溫度。
(2) 升溫速率的選擇
升溫速率對色譜分離度和峰形的影響較大，對于多組分分析，可以設置多階、不同升溫速率的升溫程序，以得到較好的分離效果和峰形。
(3) 終點溫度的選擇
程序升溫溫度的確定主要取決于固定相和被測樣品中較高沸點的物質。另外，對于基質復雜的樣品，可以考慮在固定相規定較高溫度下適當提高溫度（但接質譜不要這樣做），并且在此溫度下適當延長保持時間。
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